Las particularidades geográficas y geológicas del Étang de Berre y de sus alrededores explican la gran singularidad de la flora y la fauna de este ecosistema que ha convertido el Étang de Berre en un biotopo emblemático a nivel mundial, un «hotspot» de biodiversidad. Sus orillas están repletas de zonas de interés biológico y concretamente, de humedales.

De manera que se han podido contabilizar más de 3000 hectáreas de hábitats repletos de biodiversidad y con la presencia de una fauna emblemática y variada: 359 especies de aves, 53 especies de mamíferos de las cuales 16 son murciélagos, 19 especies de reptiles, 9 especies de anfibios, 135 especies de mariposas diurnas, 52 especies de libélulas y 74 especies de saltamontes, grillos y langostas (ortópteros).
Además, el Étang de Berre y su complejo ecológico acogen varias especies de flora y fauna amenazadas, algunas de ellas endémicas: anguila europea (pez migratorio), limonium (planta litoral endémica), murin de Cappacini (murciélago), rata de agua (micromamífero), vernáculo de madrilla (pez de río) o araña balsa (araña). El complejo ecológico del Étang de Berre acoge más de 20 000 aves acuáticas regularmente desde el año 1995, convirtiéndose así en uno de los lugares más importantes del sur de Europa para la observación y protección de la avifauna.
 
Esta riqueza natural se traduce en la existencia, en los alrededores del Étang de Berre, de seis zonas protegidas con un gran valor biológico, propiedad del Conservatoire du littoral, que cubren una superficie total de 1200 hectáreas: domaine du Ranquet (78 ha), site de Bolmon (720 ha), site de la Poudrerie (117 ha), site de la Petite Camargue (88 ha), marais de la Tête noire (20 ha) y site de l’Étang du Pourra (157 ha).

La observación de especies de aves se concentra en algunos espacios naturales concretos como el litoral del Étang de Berre y la costa mediterránea, además de algunos puntos a la altura del Canal de Caronte. La mayoría de colinas y las zonas urbanas están menos exploradas. La planificación de inventarios permitirá afinar el conocimiento sobre la biodiversidad de proximidad, pero también localizar más concretamente las especies patrimoniales del territorio, su población y su estado de protección.

→ Avifauna hibernante de humedales: zampullín cuellinegro, somormujo lavanco, flamenco común, gaviota cabecinegra, charrán patinegro.
→ Especies rupícolas y de entornos abiertos: búho real, alcón peregrino, críalo europeo, cogujada común.
→ Lagarto ocelado, lagartija cenicienta.
→ Helianthemum marifolium, Helianthemum ledifolium, Ophrys aurelia, Ophrys splendide, Allium chamaemoly, Ononis spinosa, Cressa cretica, Polygonum robertii.